超声波清洗对大多数工件是安全的。每秒钟数以千计气泡的内爆产生的能量是巨大的，但由于能量集中在极其微小的区域内，因此整个清洗过程是安全的。对安全性最为谨慎的考虑应该是清洗液的选择。清洗液对某些工件表面潜在的伤害性可能会因为使用超声波而增大。超声波清洗不建议应用于下列宝石：猫眼石、珍珠、翡翠、坦桑黝帘石、孔雀石、绿宝石、青金石和珊瑚。