超声波清洗器直接清洗通常是指工件在装满清洗液的清洗槽内清洗，工件通常装在带孔的托盘或工装篮内。直接清洗的局限性是需要选择那些不会损伤超声波清洗槽的清洗液。间接清洗则是将待清洗的工件放在烧杯或不带孔的托盘内，烧杯或托盘内装有溶液，而不是直接装在清洗槽内。当选择间接清洗时，确认超声波清洗器槽内的水位被保持在标准位置。